Discover Chips™

DiscoverChips™ - (Arrayit Corporation®)

  

Description produit


Discover Chips offrent la possibilité d’étudier 380 gènes parmi ceux qui sont les plus étudiés de quatre organismes importants : Arabidopsis, Humain, Souris et Rat.
Les « Discover Chips™ » sont des puces spécialement dédiées à la recherche.

Ces puces à oligonucléotides contiennent 380 gènes sélectionnés parmi les principales fonctions cellulaires, permettant l’obtention d’informations physiologiques et transcriptionnellles.
Les oligonucléotides 70-mers sont synthétisés, purifiés puis déposés en dupliquat sur la lame de verre (Salle blanche de classe 100).
Quatre contrôles négatifs sont inclus sur la puce. Les oligos contrôles sont conçus pour être uniques par analyse informatique via BLAST, ciblant les séquences des bases de données publiques afin d’éviter les « cross-hybridization ». Ils permettent la normalisation des signaux Cy3 et Cy5 ainsi que la normalisation et le contrôle des expériences de microarrays.
 

Référence Désignation
DCA Discover™ Chip - Arabidopsis
DCH Discover™ Chip - Human
DCM Discover™ Chip - Mousse
DCR Discover™ Chip - rat

Spécifications techniques


Principaux groupes fonctionnels des différents gènes présents sur la puce :

• Antigène
• Apoptose
• Adhésion cellulaire
• Cycle cellulaire
• Transporteurs
• Cytokine
• Cytosquelette
• Facteurs de croissance
• Immunologie
• Kinase
• Oncogène
• Protéase
• Récepteur
• Facteur de transcription

Chaque oligonucléotide déposé possède un nom de gène, un symbole, une position le long du génome ainsi qu’un code GenBank référencés (voir lien). La séquence de l’oligo est également disponible.

Les puces « Discover Chips » sont produites en utilisant du matériel de haute qualité. Le succès de chaque puce va dépendre de la qualité des différentes étapes du protocole et au final, de la qualité de la cible. Pour un résultat optimal, il est conseillé d’utiliser le protocole inclus dans le kit.

Protocole

Protocole d'hybridation DiscoverChipsTM

 1. Lavage de la Discover Chips pour éliminer l’excédent de sondes et préparer la puce pour le blocking. Trois lavages successifs sont nécessaires :

- 5 minutes dans SSC 2X, 0.1% SDS
- 5 minutes dans SSC 2X
- 5 minutes dans SSC 0.1X.

La lame doit ensuite être plongée 30s dans l’eau pure puis 10s dans l’éthanol avant d’être séchée. Pour le séchage, nous recommandons notre mini-centrifugeuse.

2. Blocking : préparation de la surface de la lame afin de réduire le bruit de fond.

3. Préparation des cibles et hybridation.

Au cours de cette étape, l’ARNm est rétro-transcrit en ADNc et marqué par un fluorochrome spécifique (ex : Cyanine3 ou Cyanine5). 1 μg d’ADNc est ensuite resuspendu dans 10μl de tampon HybIt Hybridization Solution. L’hybridation se réalise ensuite à 65°c pendant 3 heures.
Pour information :
Le kit de purification des cibles permet d’augmenter la qualité des cibles en éliminant les excès de sel, d’enzymes et de primers.
Les marqueurs fluorescents sont également disponibles. Les volumes à utiliser sont précisés en fonction de la nature de la cible.

4. Lavage pour éliminer l’excès de sonde.

Trois lavages sont recommandés. Les lavages peuvent être effectués avec des solutions contenant du PBS ou SDS et un gradient décroissant de détergent (ex : triton). L’utilisation des solutions de lavage ArrayIt® Wash Buffer A, B and C sont conseillées. Avant le lavage, il faut retirer la lamelle. Placer la lame dans la première solution (solution A) pendant 5 minutes sous agitation. Transférer ensuite la lame pendant 5 minutes dans la seconde solution (solution B). 5 minutes dans la troisième solution (solution C) permettent de compléter le protocole de lavage. Le protocole de lavage peut être optimisé en modifiant la température et en utilisant différentes solutions de lavage.

5. Détection de la fluorescence : scan de la puce.

6. Quantification du signal.

7. Analyse des données.

Les puces sont stables à température ambiante (25°C) pendant 6 mois à compter de la date de réception. A conserver dans des boites de stockage spécifiques à l’abri de la poussière. Ne pas les exposer à l’humidité et à des températures élevées.