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Discover Chips™ |
DiscoverChips™ - (Arrayit Corporation®)
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Référence | Désignation |
DCA | Discover™ Chip - Arabidopsis |
DCH | Discover™ Chip - Human |
DCM | Discover™ Chip - Mousse |
DCR | Discover™ Chip - rat |
Spécifications techniques
Principaux groupes fonctionnels des différents gènes présents sur la puce :
• Antigène • Apoptose • Adhésion cellulaire • Cycle cellulaire • Transporteurs • Cytokine • Cytosquelette |
• Facteurs de croissance • Immunologie • Kinase • Oncogène • Protéase • Récepteur • Facteur de transcription |
Chaque oligonucléotide déposé possède un nom de gène, un symbole, une position le long du génome ainsi qu’un code GenBank référencés (voir lien). La séquence de l’oligo est également disponible.
Les puces « Discover Chips » sont produites en utilisant du matériel de haute qualité. Le succès de chaque puce va dépendre de la qualité des différentes étapes du protocole et au final, de la qualité de la cible. Pour un résultat optimal, il est conseillé d’utiliser le protocole inclus dans le kit.
Protocole
Protocole d'hybridation DiscoverChipsTM
1. Lavage de la Discover Chips pour éliminer l’excédent de sondes et préparer la puce pour le blocking. Trois lavages successifs sont nécessaires :
- 5 minutes dans SSC 2X, 0.1% SDS
- 5 minutes dans SSC 2X
- 5 minutes dans SSC 0.1X.
La lame doit ensuite être plongée 30s dans l’eau pure puis 10s dans l’éthanol avant d’être séchée. Pour le séchage, nous recommandons notre mini-centrifugeuse.
2. Blocking : préparation de la surface de la lame afin de réduire le bruit de fond.
3. Préparation des cibles et hybridation.
Au cours de cette étape, l’ARNm est rétro-transcrit en ADNc et marqué par un fluorochrome spécifique (ex : Cyanine3 ou Cyanine5). 1 μg d’ADNc est ensuite resuspendu dans 10μl de tampon HybIt Hybridization Solution. L’hybridation se réalise ensuite à 65°c pendant 3 heures.
Pour information :
Le kit de purification des cibles permet d’augmenter la qualité des cibles en éliminant les excès de sel, d’enzymes et de primers.
Les marqueurs fluorescents sont également disponibles. Les volumes à utiliser sont précisés en fonction de la nature de la cible.
4. Lavage pour éliminer l’excès de sonde.
Trois lavages sont recommandés. Les lavages peuvent être effectués avec des solutions contenant du PBS ou SDS et un gradient décroissant de détergent (ex : triton). L’utilisation des solutions de lavage ArrayIt® Wash Buffer A, B and C sont conseillées. Avant le lavage, il faut retirer la lamelle. Placer la lame dans la première solution (solution A) pendant 5 minutes sous agitation. Transférer ensuite la lame pendant 5 minutes dans la seconde solution (solution B). 5 minutes dans la troisième solution (solution C) permettent de compléter le protocole de lavage. Le protocole de lavage peut être optimisé en modifiant la température et en utilisant différentes solutions de lavage.
5. Détection de la fluorescence : scan de la puce.
6. Quantification du signal.
7. Analyse des données.
Les puces sont stables à température ambiante (25°C) pendant 6 mois à compter de la date de réception. A conserver dans des boites de stockage spécifiques à l’abri de la poussière. Ne pas les exposer à l’humidité et à des températures élevées.
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