Whole Human Genome H25K/BT

Whole Human Genome (Arrayit Corporation®)

Description Produit


Première puce commercialisée contenant la totalité du génome humain, H25K/BT est dérivée d’un set entièrement annoté de 25 509 gènes humains.
Cette nouvelle génération de microarrays présente un avantage significatif de part l’utilisation des collections de séquences marqueurs d’expression (Expressed sequence tags ou ESTs), issues de bases de données faiblement annotées.

H25K/BT est un microarray pluri-applications contenant 26 304 oligonucléotides longs, conçus pour optimiser les études portant sur l’intégralité du génome humain en une seule réaction biochimique. Des échantillons préparés à partir d’ADN génomique, mRNA ou de protéines peuvent être utilisés. Les problématiques abordées sont variées, allant du cariotypage et profil d’expression de gènes à la structure de la chromatine et interactions ADN-protéines.

Pour l’expression de gènes, la conception révolutionnaire de 1 spot–1 gène permet aux utilisateurs une mesure quantitative de plus de 300 000 transcrits humains en une seule hybridation. Les utilisateurs ont la possibilité d’acheter un ou plusieurs oligonucléotides qui constituent la puce H25K BT.
Les technologies les plus avancées concernant la bioinformatique, la fabrication des oligonucléotides, l’impression des puces, et la chimie de surface apportent une spécificité et sensibilité sans précédent, et permettent une analyse et une exploitation des résultats optimisées.

Référence Désigantion
H25K:BT Whole Human Genome (25 509 gènes - 26 304 oligonucléotides longs)

Spécifications techniques


La puce Génome Humain H25K/BT comporte 26 304 « spots » représentant 25 509 gènes humains entièrement annotés, ainsi que 795 séquences contrôles de souris, plantes et autres sources. Les cibles nucléiques déposées doivent correspondre aux brins « anti-sense» pour s’hybrider avec les oligonucléotides « sense » présents sur la puce.

Les oligonucléotides présents sur chaque « spot » sont annotés sur les bases de données Aceview, Entrez, RefSeq, UniGene, KnownID et Genbank. Chaque oligonucléotide correspond ainsi à un identifiant unique (Microarray ID) et permet aux clients de racheter la séquence en spécifiant le Microarray ID.

Le contenu du H25K/BT est imprimé en 48 sous-grilles de 24x24 spots espacés de 185 µm centre à centre. Les oligonucléotides occupent une aire de 18 x 54 mm sur le support en verre, positionnés de façon proportionnelle de droite à gauche et de haut en bas entre le support en verre et le code barre. Le code barre de 12,5 x 19 mm inclus le nom du produit, le site web, le code barre, et un nombre de 6 chiffres pour la traçabilité (ex. 100012).Le code barre est positionné sur la face de travail.

Un des avantages majeurs de H25K/BT par rapport aux puces génomes humains de la concurrence est la méthode de dépôt par contact (méthode brevetée), permettant une inspection visuelle de chaque puce fabriquée. Le process d’inspection individuelle de chaque puce conforte le client sur un niveau de Qualité (Control Qualité et Assurance Qualité) qui n’est pas possible avec les produits concurrents.

Protocole

Protocole Whole Human Genome H25K-BT
Arrayit Corporation® - BioTray®

1. Préparation d’une sonde marquée à partir d’un échantillon biologique.

Trois principes fondamentaux doivent être respectés lors de la préparation des échantillons :
• Les échantillons doivent être purs.
• Le marquage des cibles doit être de bonne qualité. Des contrôles peuvent être effectués avant l’étape d’hybridation.
• Les échantillons ne doivent pas être dénaturés. La taille de l’échantillon doit être grande.

2. Test de la qualité du marquage.

Cette étape est optionnelle et chaque utilisateur a sa propre technique de vérification.

3. Hybridation : mise en contact de la cible marquée et de la puce.

Le volume minimum de cible est d’environ 50μl. La réaction d’hybridation a une durée variable dépendante de la concentration de la cible. Elle est
comprise entre 5 min et 6 heures. Quand la réaction d’hybridation est finie, il faut procéder rapidement aux lavages.

4. Lavages de la puce pour éliminer les molécules non fixées.

Trois lavages sont recommandés. Les lavages peuvent être effectués avec des solutions contenant du PBS ou SDS et un gradient décroissant de
détergent (ex : triton). L’utilisation des solutions de lavage ArrayIt Wash Buffer A, B and C sont conseillées. Avant le lavage, il faut retirer la
lamelle. Placer la lame dans la première solution (ex : solution A) pendant 5 minutes sous agitation. Transférer ensuite la lame pendant 5 minutes
dans la seconde solution (ex : solution B). 5 minutes dans la troisième solution (ex : solution C) permettent de compléter le protocole de lavage. Le
protocole de lavage peut être optimisé en modifiant la température et en utilisant différentes solutions de lavage.
Nous recommandons le séchage avec notre micro centrifugeuse « High Speed Micro Centrifuge »

5. Détection de la fluorescence : scan de la puce.

6. Quantification du signal.

7. Analyse des données.